育苗穴盘的穴孔形状主要有方形和圆形，方形穴孔所含基质一般要比圆形穴孔多30%左右，水分分布亦较均匀，种苗根系发育更加充分。标准穴盘的尺寸为540mm×280mm，因穴孔直径大小不同，孔穴数在18-800之间。栽培中、小型种苗，以72--288孔穴盘为宜。
育苗穴盘的颜色会影响植物根部的温度。白色的聚苯泡沫盘反光性较好，多用于夏季和秋季提早育苗，以利反射光线，减少小苗根部热量积聚。而冬季和春季选择黑色育苗盘，因其吸光性好，对小苗根系发青有利。苗木长大后，就应开始使用控根快速育苗技术，移入控根快速育苗容器内，继续生长。
