黄菊内幕
舆论普遍认为黄菊主政上海期间，在房地产商周正毅垄断市场、强占居民土地等不法行为中扮演了重要角色。周正毅案中涉及的野蛮拆迁等行为曾在当地引起极大公愤。周正毅最终因“操纵证券交易价格、虚报注册资本”被判三年有期徒刑据称是由于法院受到了来自黄菊的压力。另据律师郑恩宠透露，黄菊在升任中央政治局常委后仍力挺接手上海的陈良宇、韩正等打压揭发周正毅的群众，阻挠对周案的深入调查。另外，有关黄菊妻子余慧文参与了挪用上海30亿元社会保险基金的传闻也令黄菊的声誉受到打击。黄菊之女黄凡于1995年嫁给旅美台湾报人方大川之子方以伟，这在当时也令他备受指责。
有消息称，2006年黄菊因为牵扯到原上海市委书记陈良宇案而被调查，不过由于当时他被诊断出患有胰腺癌，因此中共中央就对其减少了曝光度。最终黄菊未等到陈良宇宣判便已不治病逝。逝世之后，中共官方讣告仍给予其高度的评价，称其为“中国共产党的优秀党员、忠诚的共产主义战士、党和国家的卓越领导人”，并充分肯定了其在上海的政绩。
黄菊内幕
2006年3月中国举行“两会（全国人大和全国政协年会）”期间，官方发言人吴建民首次证实黄菊住院治疗，但同时强调黄菊“正在康复中”。今年3月“两会”期间，吴建民拒绝回答媒体有关黄菊病情的询问。
九月二十六日，中央政治局常委会召开了组织生活会议，黄菊在会上作了自我批评并提出请辞政治局常委、委员、中央委员、国务院副总理的职务。对黄菊的请辞，政治局常委会意见分歧。
根据中央政治局在二00二年十二月七日第四次会议上通过的决议：政治局常委会、政治局每月召开一次党组织生活会议，会议宗旨：交流思想工作和展开批评和自我批评，一般都安排在月初或月下旬。
黄菊自我批评说：近日，邦国同志、庆红同志和我作了多次交心谈话，使我深深感到自己的过失和失责，给老书记（江泽民）、老市长（朱镕基），给上海市委、市政府带来了沉重的政治压力和后遗症，万分沉痛。中纪委吴官正同志代表中央政治局、中纪委，就若干上海市委、市http://www.wmxa.cn/政府主要负责人的情况及本人配偶、亲属在金融、经济领域的表现，和我交换意见，我也作了初步的阐述和解释。由于政治环境、人事等多方面复杂因素，经多翻思考，作出抉择，请中央政治局常委会、政治局，接受本人辞去政治局常委、委员、中央委员、国务院副总理等党内外职务，返家乡（浙江省嘉善）休养。
黄菊在提交的请辞报告中，列出了三点理由：（一）健康状况，需要长期休养配合医治，病情趋向反复：（二）从上海市委陈良宇同志的问题的披露，涉及到金融、经济违法活动，涉及到组织人事上的严重失职、渎职，也涉及到我本人在上海主持工作期间的责任；（三）陈良宇等同志事件公开化后，本人深受政治上的压力，工作展开会困难，而且会给中央领导集体班子的声誉造成影响。
上海市委陈良宇一伙出事后，市委、市政府、市人大、市纪委的干部，纷纷都向中央政治局、中纪委提出：谁破格重用陈良宇？谁一再包庇陈良宇的劣迹？谁做陈良宇后台在沪搞官僚阶层操控上海金融、国土、工程？谁纵容上海市委搞“独立王国”？矛头直指黄菊。
黄菊检查五大过失，强调他在九四年中至二00二年主持上海工作期间，（一）忽视了抓党的建设和班子的政治思想建设、精神文明建设，在成绩面前沾沾自喜，滋长骄气，助长了大上海主义蔓延，和各地方的关系长期紧张；（二）在使用、晋升干部上，只看表面、看个人私交，形成任人唯亲的风气；（三）有举报，九四年中接任市委书记后，从原机电局提拔了三十一名科、处级干部到市委、市政府担任组织、宣传、人事、市委办等要职，二00二年十一月，到京任职后，从上海调入八人到京，其中有二人被中组部退回，原因是有组织结论：不能重用；（四）对于班子内部宗派主义、小山头主义的活动，没有严肃、认真对待，导致党内生活不正常，派生出不少问题；（五）对于亲属在经济、金融领域中享有非法、不正常的特权利益，没有认真对待和处理。
