据全国人大法律委员会副主任委员安建介绍，目前注册制改革相关准备工作仍在进行，具体改革举措尚未出台。据此，对现行证券法第二章“证券发行”的规定，暂不作修改，待实施注册制改革授权决定的有关措施出台后，根据实施情况，在下次审议时再对相关内容作统筹考虑。同时，为了做好修订草案与注册制改革授权决定的衔接，修订草案二审稿增加规定，国务院应当按照全国人大常委会相关授权逐步推进股票发行制度改革。
针对证券市场违法违规行为的新特点，在认真总结2015年股市异常波动的经验教训基础上，草案二审稿对相关规定作进一步修改完善，增加了证监会应当依法监测并防范、处置证券市场系统性风险的原则规定;进一步发挥证券交易所的一线自律管理职能;对涉嫌违法人员实施边控等措施;加大对证券违法行为的处罚力度，完善处罚规则，提高罚款数额。
对于近年资本市场上的举牌收购热潮，草案二审稿强化持股达到百分之五的投资者的信息披露义务，进一步规范上市公司收购。要求投资者在持股变动公告中应当公告增持股份的资金来源以及在上市公司中拥有表决权的股份变动的时间及方式;对投资者违规增持的股份，明确在一定期限内不得行使表决权;将在上市公司收购中收购人持有的被收购的上市公司的股票，在收购行为完成后不得转让的期限，由“六个月”延长为“十八个月”。
同时，草案二审稿将现行证券法“证券交易”一章中的“持续信息披露”一节扩充为专章规定，并予以修改完善，扩大信息披露义务人的范围，增加信息披露的内容，明确信息披露的方式;强化公司董事、监事、高级管理人员在信息披露中的责任;明确信息披露的一般原则要求，强调信息披露应当真实、准确、完整，简明清晰，通俗易懂;应当同时披露、平等披露。在证券交易方面，扩大应予严格规范的内幕信息知情人的范围，增加操纵市场的情形;增加禁止利用未公开信息进行证券交易的规定;进一步强化证券交易实名制的要求，禁止利用他人账户从事证券交易;增加对程序化交易的规范;规范上市公司停牌、复牌行为，防止上市公司滥用停牌、复牌损害投资者的合法权益。
草案二审稿还对投资者保护设专章，从规范现金分红、投资者适当性管理、先行赔付制度等方面强化投资者保护。强调证券公司销售证券、提供服务，应当与投资者的风险承受能力相匹配;规定征集投票权制度，增加中小股东在上市公司中的话语权;规范现金分红，要求上市公司应当按照公司章程的规定分配现金股利;规定债券持有人会议和债券受托管理人制度，更好保护债券持有人合法权益。草案二审稿还规定先行赔付制度。发行人因欺诈发行、虚假陈述或者其他重大违法行为给投资者造成损失的，发行人的控股股东、实际控制人、相关的证券公司、证券服务机构可以委托国家设立的投资者保护机构，就赔偿事宜与投资者达成协议，予以先行赔付。
此外，草案二审稿增加了关于多层次资本市场的原则规定，将证券交易场所划分为证券交易所、国务院批准的其他全国性证券交易场所(新三板)和按照国务院规定设立的区域性股权市场三个层次;考虑到国务院批准的其他全国性证券交易场所、按照国务院规定设立的区域性股权交易市场目前的发展情况，在证券法中对其只作原则性规定，授权国务院制定具体管理办法。